何の気なしにIDE環境をいろいろさわっています

これらは、EclipseがGUIベース、NetBeansがAntベースであるというポリシーの違いから来ているものと思われます。

Netbeansはプラグイン開発に向いていて、JavaのWebアプリケーションならEclipseの方が向いているのかな？

どちらも使っているけど、使い分けするならそういうことなのかな？