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このページにあるようにＩＣカードが普及しなかった、というのが一番大きな原因ではないでしょうか？ＩＣカードは使用期限があり、それをすぎると交換手数料が必要、とのことですから贈り物や記念品として一気に広まった磁気型テレホンカードには勝てませんよね。
実際のところ、普及しなかったということにつきるでしょう。
IC型は大都市圏の駅などかなり限られた場所にしか設置されていなかったため、あまり認知された状況に無かったようです。
NTT自体もそれほど積極的に告知しなかったという事も原因として考えられるかと思われます。
さらに携帯電話の急速な普及で公衆電話自体が使われない、すなわち公衆電話自体の収益も上がらない状況が続いていました。
IC型が認知されておらず、公衆電話自体収益が上がらない以上、不採算となっている事業は企業として切らざるをえなくなったため、今回の廃止に繋がったようです。
既出かもしれないですが、、、
なくなるのは、携帯電話がNTTの予想をはるかに越えた勢いで普及したからです。
テレホンカード型が残るのは、明言されていませんが、要するに電話機自体も磁気性のテレホンカードも、あまりにもIC型と比べて普及しているので、そちらを優先したに過ぎないのです。
http://miri.cocolog-nifty.com/blog/2005/01/ic.html
そこはかとなくもがく: ICカード公衆電話が廃止に
一番の原因はICテレカの導入時期が遅すぎた事でしょう。携帯電話の普及によりジリ貧状態に時期に投入された事によって、ICテレカ自体を購入する人がほとんどいない状況で、対応電話機自体が無用の長物となってしまったというのが現実です。
公衆電話自体は赤字ですよね？
その公衆電話をすべてＩＣに換える費用と、無料でＩＣカードを発行するお金と手間とを考えるとそこまでするお金も価値もないと判断されたのではないでしょうか？
はっきりいって使っているのを見ると大体ＩＣが空いててテレカが使われてますし。
最近では携帯が普及してテレカの偽造被害もなくなったのでは？テレか自体の値段もものすごく安いですし(金券屋で)、最近は携帯を飛ばして使っている犯罪者が多いですから。
http://www.ntt-east.co.jp/release/0501/050120.html
ＩＣカード公衆電話の見直しについて 〜ＩＣカード公衆電話の磁気カード公衆電話への一本化〜
発表にある通りコストの問題でしょう。
当然いっぺんにＩＣに交換という形では、製造コストもかかるし、多く出回っている磁気型の廃棄費用もカードの交換の手間も、また磁気カードを持ってる方の反発も予想されるので、当初の予定では、何年もかけて、順繰りにＩＣに移行していく予定だったはずです。
ところが、既に話が出ている通り、携帯が予想以上に普及したこと、公衆電話はかなり収益が悪化してるため、公衆電話はこれからの予定ではまだまだ減らしていくという話。
磁気カードを持ってる人のＩＣカード電話機の利用敬遠などもあり、ＩＣカードは当初の予定以上に普及が遅れ、さらに携帯普及が追い打ち。公衆電話部門は、もう黒字になってる場所以外は全部撤去したいというのが、NTTとしては本音なのかもしれません。
実際、赤字の場所の公衆電話を減らすのは確定ということで話が出てますが、公共的な利用がある場所では全面廃止は出来ません。
そこで、当初の予定のままＩＣカード継続＝まだまだ残ってる磁気カード機を全部交換となりコストが膨大にかかるので、それよりは、多く残ってる磁気カード式を残すというのが、安くつくってだけの話でしょう。
ＩＣカード式しか無かった場所は磁気式にするにしても、磁気式はあっちこっちの公衆電話削減で、そこのをチェック・清掃して持って行けばいいだけですから、余計な製造コストもかかりませんから。
携帯電話が普及し公衆電話自体の利用率が落ちたので、採算を合わせるために公衆電話の数を減らすにあたり、普及している「携帯電話の利用率が低い世代への考慮」としてテレホンカード型を残したと思います。
高年齢者の方にとっては、携帯同様私たちにとっては非常に操作が簡単だと思われる機器の使用でも、非常に困難なことが多々ありますし、そういった方にとってはICカードも当然「わからない」「使えない」物になってしまっているでしょう。
現状では基本的にそういった「携帯電話を持っていない方へのサービス」となってしまった公衆電話は、当然その方達が扱えるものを残すべきである（使用率も多少は上がるでしょうし）と思うので、テレホンカード型を残したんだと思います。
3番目の回答のコメントにレス。
（いわしに書けよ）
『苦心して新規開発し、市場投入したものが、既存の規格からの転換を怠っていたばかりに、既存の数量が多い、だから苦心して開発した新規格の方を不採用（ボツ）にする。』
普通にありますよコレ。
どんなに製造部門、開発部門が手塩にかけても、営業部門が納得しないものだったり、外的要因で投入ストップ。日の目を見ないものもあります。
ハード、ソフト両方あるでしょうね。
あれ？眠いな。
